2004年10月から2005年10月まで 全50話がMBS・TBS系で放送された。
あらすじ
先の大戦が停戦となってから２年後。プラントのデュランダル議長を訪れるカガリ（オーブ首相）とアスラン（アレックス）。アスランはカガリのサポートをする立場。
そこにプラントの新造Ｍ・Ｓを奪いに来る者が。奪った機体で破壊しまくる者たち（ステラ、スティング、アウル）。新Ｍ・Ｓの「インパルス」で迎撃するシン・アスカ。同僚のレイとルナマリア。
攻撃で身が危うくなったアスランはカガリを乗せて近くのＭ・Ｓに搭乗。戦いにも加わる。逃げる３名を追ってプラント外に出るシンたち。アスランは機体ダメージのため新造戦艦ミネルバに収容されるが、当機も例の３名を追ってプラント外へ。
強奪組３名を収容した戦艦を指揮するネオ・ロアノーク（仮面の男）。逃げると見せかけてミネルバを誘い込む。
小惑星を盾にしながら巧みに攻撃する敵。アスランの助言でミネルバは難を逃れる。
そんな頃、先の大戦の発端となった農業コロニー「ユニウス７」の巨大な残骸が静止軌道から逸れ、地球に近づきつつある事が判明。それは人為的なものだった。
ユニウス７を細分化するための爆薬をセットするザフトのＭ・Ｓ群。アスランも加わる。だがそれを阻止するＭ・Ｓが。ザラ議長の遺志を継いでナチュラルを根絶やしにしようとする狂信的な者の仕業。彼らを排除して、ある程度の分割に成功するが、もっと細かくしないと被害が拡大する。ミネルバは大気圏突入をしながら砲撃で微細化を実行。シンとアスランも大気圏突入に巻き込まれるが、シンがアスランを確保しながらミネルバに着艦。
ユニウス７は無数の隕石となって地上に大きな被害を与えた。一部のザフトがやった事だというのがナチュラル、コーディネーター双方に知られる。報復に動き出す地球軍。
ミネルバは、カガリを乗せていた事もあり、オーブ国のドックに入って修理、補給を受ける事になる。
帰国したカガリを迎える宰相の息子ユウナ。アスランを格下として扱う。
キラ、ラクス、マルキオ、マリュー、バルトフェルドは停戦の後、オーブの片田舎に引っ込み孤児らと静かに暮らしていた。戦いとは無縁となったキラ。
地球軍はプラントに向けて宣戦布告し、大規模な核攻撃を行った。プラント側は最新兵器「スタンピーダー」により核を全て破壊。だが有効なのは１回限り。作戦の失敗をなじられるジブリール。
プラントではナチュラルを討てという世論が拡大したが、ラクスの演説、歌で沈静化。ラクスのそっくりさんを演じるミーア。
地球軍がオーブに対して連邦の同盟に入れと強要。反発するカガリだが、宰相、ユウナはそれを抑え込む。
情報を入手して、通信でミネルバの艦長タリアに脱出を示唆するバルトフェルド。それを受けてミネルバは港を出た。
同盟を結ぶ時、同時に結婚式も行おうとカガリに迫るユウナ。カガリの左手にアスランからもらった指輪があるのは承知の上。
ラクスたちの居るハウスが秘密部隊に襲われる。狙いはラクス。バルトフェルドとマリューが応戦しながら子供たち、ラクス、キラをシェルターに逃げ込ませる。だが敵はＭ・Ｓ部隊を投入してシェルターごと破壊に及んだ。
最後の手段として扉を開けるキラとバルトフェルド。そこには「フリーダム」が。敵Ｍ・Ｓを全滅させるキラ。
キラたちの許へ付き人が、カガリからの手紙を持って来た。ユウナと結婚し、国の安定を図る決意が書かれていた。シェルターにあったもう一つの秘密、アークエンジェルを発進させるクルーたち。
フリーダムが結婚式場に乱入し、カガリを拉致する。軍もカガリの身の安全を考えて攻撃出来ない。フリーダムを回収したアークエンジェルは再び海底へ。
キラたちの行動に怒るカガリだが、その気持ちを知り、泣き崩れる。何も知らずにオーブ国に入ろうとするアスラン。そこにミネルバはおらず、敵国として対応され、愕然とする。
改めて手続きをし、地球の勢力圏で整備中のミネルバの許に到着するアスラン。ザフト軍に復帰していた。艦長のタリアに挨拶すると、この船は地球軍に敵対している関係国の方面に出向くという。
出発したミネルバに攻撃を仕掛けるネオの部隊。迎撃するシン、アスランたち。シンは深追いの末敵基地を見つけ、そこで働かされている者たちの脱走防止柵を撤去した。だが命令を無視したシンにビンタを張るアスラン。
地球軍内での混乱。それを海底深く観察しているアークエンジェル。今はスカンジナビア王国に匿ってもらっている。核攻撃に対しても冷静に国民をコントロールしているデュランダル議長。ミーアを活用している。外から見ただけではザフト軍に肩入れしたくなると言うラミラス。だがもしラクスの暗殺計画がデュランダル側から出たものだとしたら、と考えるキラはもう少し様子を見ようと考えていた。
次のザフト軍基地に入ったミネルバ。その基地の司令官から作戦についての説明を受ける。今まで難攻不落だった要衝の攻撃。
ローエングリンゲート突破作戦。強大な砲台を落とさない限り突破出来ない。狭い地下坑道を飛んで砲台直下まで行く任務を命じられるシンはそれをやり切り。、陥落に成功する。
その後タリアとアスランは幹部の称号「フェイス」を与えられる。
黒海沿岸都市ディアキアに入港したミネルバ。そこに来てコンサートをしているミーア（ラクスとして）。デュランダル議長も来ていた。会食でタリア、アスランらに議長が話す「戦争による別の側面」。戦争によって経済が潤うという事。それを裏で操っているのがロゴス（ブルーコスモスの母体）。二人だけの場でアスランに、アークエンジェルの居場所が判らないかを聞く議長。それにラクスも乗っていると推測。
シンの側から語られる先の戦争の経緯。オーブ国が地球連邦からの同盟強要に逆らった時の攻撃で、シン以外の家族が皆殺しとなった。ただ一つ残された妹のケータイ。オーブに失望してザフト軍に入ったシン。
休暇で海に来たシン。崖から女性が落ちるところを見て飛び込む。何とか助けるが「死にたいのか！」という言葉に異常に反応する。名前はステラ。地球軍の、Ｍ・Ｓを奪った３人組の一人。エマージェンシーでアスランが駆け付け、戻る途中で残りの２人に遭遇。２人は素性を隠してステラを引き取る。
ミネルバに配属となったハイネ。アスランと同じくフェイスの称号を得ていた。
ジブリールの入れ知恵で、ミネルバの居る黒海の攻撃をオーブに行わせる事となり、ユウナを司令官とする部隊が出動。ネオは、ユウナの勇み足をいいことに高見の見物。オーブ軍の攻撃が本格化し、シンとアスランが迎撃。ミネルバは空母を殲滅するため陽電子砲「タンホイザー」を撃とうとするが、その直前にキラの「フリーダム」が現れ、砲を直撃で潰す。
アークエンジェルも出現し、地球軍とザフト軍との戦いに割り込んだ。キラは極力相手Ｍ・Ｓの武器だけ破壊して戦闘意欲を削ぐ方針。次いでカガリのＭ・Ｓが出てオーブ軍に攻撃中止を命じるが、ユウナは「偽者だ」と言って無視。
地球軍とザフト軍の間で再び再開される戦闘。フリーダムは双方に干渉して大規模な損害を回避していた。フリーダムに装備を破壊されたステラは逆上してアスランに捨て身の攻撃をかける。そこに割って入ったハイネが犠牲になった。両軍の戦いはもの別れ状態で中断された。
黒海に戻ったミネルバ。アスランはキラたちの真意を質すためにコンタクトを取る。キラ、カガリ、アスランの再会。キラの取った行動は混乱させるだけだと言うアスランに、キラはなぜラクスを殺そうとする者が居るのか、と問う。
指令を受けて地球軍の秘密研究所の探索を行うシンとレイ。見つけた場所でショックを受けるレイ。
報告を受けてシンたちが見つけた施設に入ったミネルバ。そこは遺伝子操作を嫌う地球軍が、それ以外の方法で戦闘に特化した肉体改造（エクステンデッド）を行う施設だった。廃棄された子供たちの死体。ネオが言うロドニアの施設。ロドニアという言葉を聞いて急激に不安定になるアウル。
Ｍ・Ｓガイアに乗って１機だけでロドニアに向かうステラ。
それを迎撃するシンとアスランの間で戦闘が始まる。
ガイアを倒し、そのコクピットにステラの姿を見つけたシンは、彼女を助け出し、無断でミネルバに運び込んでしまう。
後からシンを叱責するタリア。医師の話では、ステラはエクステンデッドだと言う。記憶も操作されている。
一方アークエンジェル。ラクスは真相を探りにプラントへ行くと言う。キラは反対するが結局受け入れる。
ミーア（ラクス役の）の慰問コンサートも終わり、プラントへの帰国準備の最中、本物のラクスと付き人のバルトフェルドが一足先に帰国便に乗って出発。追っ手のＭ・Ｓをフリーダムのキラが撃退し、ラクスらはプラントへ。
強奪した艦を廃棄し、ラクスらは協力者の艦に移動。ステラは生命維持のために特殊な薬物が必要と思われたが、それが判らず厳しい状態が続いている。
ネオはユウナに指示して再びミネルバの攻撃を行わせようとした。
戦いが始まる時、再びアークエンジェルがその戦場に向かった。
デュランダルによる独白。SEEDの頃からの経緯が語られる。デュランダルとクルーゼは、生い立ちを同じくした同志か。
地球軍とザフト軍との戦いに再び割って入ったアークエンジェル。オーブ軍の戦艦が沈む時、艦長が呼びかけ、志ある者はアークエンジェルに向かった。兵士たちとカガリの再会。
一方ミネルバのステラは生命維持の方法も判らず、命の危険を迎えていた。プラントに戻っても実験材料としてしか扱われない事を知って、シンはステラをインパルスに乗せた。脱出を手助けするレイ。
ステラの乗っていた機体から信号コードを割り出し、地球軍とコンタクトするシン。ネオ一人で来るようにという申し出を受けて出向くネオ。シンはステラをネオに引き渡し、ステラを戦いに使うなと頼む。
レイとシンは独房に入れられる。苦慮するタリア。だがステラは死んだ事にされ、シンへの処罰はなかった。ステラはロシアの施設で回復措置が取られる。そして再び戦いの場へ。機体は超巨大Ｍ・Ｓの「デストロイ」。この１機メインでコーディネーターの都市を３つ壊滅させた。知らせを受けて発進するフリーダム。
指示を受けてミネルバもデストロイの居る場所に急行。シン、アスランも出動。戦いのストレスでパニックになり、無差別攻撃を繰り返すステラ。
ネオは攻撃を受けて機外に放り出される。デストロイの最終武器起動の寸前、フリーダムがビームサーベルでそれを阻止。爆破されるデストロイ。
シンの腕の中で息絶えるステラ。
シンは、ステラの亡骸を湖に沈めた。例によってシンにはお咎めなし。ネオはアークエンジェルに回収され、手当てを受けていた。驚いたことにネオは遺伝子的にはフラガと同じ人間だった。だが目覚めた時、ネオには記憶がなかった。混乱するマリュー。
シンは、フリーダムのデータを分析して戦闘シミュレーションを行っていた。アスランは、フリーダムは敵ではない、と言ったが、現時点で一番強いＭ・Ｓであるフリーダムを想定するのは正しいとレイも支持。
デュランダル議長議長が全世界に向けてメッセージを出した。デストロイによる通告なしの虐殺。そしてこの戦いを裏で操作している軍需産業複合体「ロゴス」の存在を明らかにした。それに利用されるミーア（ラクス）。デュランダルはロゴスを倒す事を宣言した（33話）。
ロゴズにはオーブの企業も含まれており、マリューらもデュランダル議長の真意を図り兼ねていた。とりあえずカガリをオーブに送り込むため、アークエンジェルは向かっていた。それを追い込む地球連邦。またプラントからもミネルバにアークエンジェル撃墜の指示が出ていた。反発するアスラン。
キラをステラの仇だと思い込んでいるシン。捨て身の攻撃でフリーダムを爆破（34話）。
デュランダル議長のメッセージにより、ロゴスのメンバーは次第に暗殺されて行った。姿を消すジブリール。
辛くも危機を脱したアークエンジェル。キラはコクピットだけの状態でカガリのストライクルージュに回収された。
地球に向かったデュランダル。シンとアスランを呼び出し、新造のＭ・Ｓ「ディスティニー」と「レジェンド」を見せた（35話）。
デュランダル議長のやり方に同意出来ないアスラン。ミーアが部屋を訪れて逃げるように言う。だが一緒に逃げようと言うのは拒んだ。ルナマリアの妹、メイリンの部屋に逃げ込んだアスラン。メイリンはニセの警報を出して注意をそらし、車でＭ・Ｓの格納庫にアスランを連れて行く。気付いてそれを阻止するレイ。辛くもグフを奪って脱出するアスランとメイリン（36話）。
アスランを追うレイとシン。シンはメイリンが乗っている事で攻撃に身が入らない。アスランはデュランダルのやり方に対する疑問をシンにぶつけるが、それを遮るレイ。レイの挑発によりサーベルでグフに致命傷を与えるシン。グフは大爆発して分解、海中に没した。デュランダルのやり方に納得いかないタリア。デュランダルは関係国の軍隊を引き連れ、地球軍の最高司令部のあるヘブンズ・ベースに対し、ジブリール他ロゴス引き渡しと武装解除を要求（37話）。
地球軍は予告なしに反撃を開始。デストロイを５機投入して優位に立つが、シン、レイ、ルナマリアの働きで全て倒される。ジブリールは脱出し、地球軍は降伏を申し出た（38話）。
助けられ、アークエンジェルに運び込まれたアスランとメイリン。宇宙で潜んでいたエターナル。隊員がザフトの研究施設跡から数冊のノートを取って来た。そこには「DESTINY PLAN」の説明が。ザフト軍に見つかり、地球に向かって脱出を図るエターナルを攻撃するザフト軍。バルトフェルドがＭ・Ｓで迎撃するが苦戦。キラがストライクルージュにブースターを付けて救援に駆け付ける。バルトフェルドに「乗るべき機体がある」と言われエターナル内に。ラクスとの再会。新造のストライクフリーダムに乗って発進するキラ（39話）。
オーブ国に逃げ込んだジブリール。オーブのセイラン一族はロゴス系であり、匿う形となった。ユウナはザフトに対し、ジブリールは居ないと見え透いた嘘をつき、一斉攻撃を受け始める。自国を守るために動き出そうとするカガリに見せられたゴールドのＭ・Ｓ。父ウズミが、どうしても戦いが避けられなくなった時のため、カガリ用とした「クレナイ」。オーブの兵たちと出撃するカガリ。オーブ司令部から権限の委譲を受けたカガリは、国家反逆罪でユウナの逮捕を命じた。応戦のため出撃したシンがカガリと対峙する（40話）。
アスラン、キラの側から語られる今までの経緯（41話）。
エターナルに戻ったキラは、ラクスを新造Ｍ・Ｓ「ジャスティス」に乗せて２機で大気圏突入し、アークエンジェルに戻った。アスランとラクスの再会。一方シンとキラとの戦い。それにレイが加わる（42話）。
アークエンジェルとミネルバの一騎打ち。一方負傷の体でアスランもジャスティスで出撃。ジブリールはセイランのシャトルで月へ脱出した。無用な戦いを避けるため、タリアはＭ・Ｓ、部隊とも引き上げた。解放されるも再びアークエンジェルに戻ったネオ（ネオとしての記憶が怪しい）。
カガリがオーブ首長として声明を出すが、ミーアがラクスとして妨害する。それを受けて本物としてカガリと同席で姿を現すラクス（43話）。
本物のラクスは、デュランダル議長のやり方に賛同しないと主張。ナチュラル、コーディネーター双方が混乱。月の地球軍基地に到着したジブリール。「レクイエムシステム」の起動を指示。月の裏側から放たれたビームが、廃棄されたコロニーのチューブを通る事で屈曲し、プラント４基を破壊した。
破壊し合う事が避けられないのか、と自問するアスラン。ラクスはデュランダルの真の目的について語る。ヒトの発生全てを遺伝子操作で決めてしまうのが「ディスティニー・プラン」。遺伝子が王となる。（44話）。
ミネルバは指令を受けて月の敵発射基地への攻撃に向かった。発進するレイ、シン、ルナマリア。チャージ途中でビーム発射しようとする基地の司令部を寸前で破壊する。直前で脱出するジブリールだったが、レイがその艦を爆破した。その報を聞いてほくそ笑むデュランダル。プラントの危機は去ったが、今後オーブの自立が守られる保証はなく、アークエンジェルは情報収集のために月へ向かった（45話）。
月面都市コペルニクスに入港したアークエンジェル。だがそこにミーアもデュランダルの指示で隠れていた。付き人に入れ知恵されるミーア。息抜きに街へ出るキラ、アスラン、ラクス。街での買い物の途中、ミーアからのメモ。罠と判っていて出向く３人。思った通り待ち伏せだった。一緒に
逃げようとしたミーアは、ラクスを庇って銃弾に倒れる（46話）。
亡くなったミーアは整形手術を受けてラクスになった。残されていたミーアの日記データ。
デュランダル議長の会見。ロゴスが滅びた今、理想の社会を目指して「ディスティニー・プラン」を発動する（47話）。
ディスティニー・プランとは、遺伝子情報を全て掌握した上でヒトの適性を全て決めてしまう事。それにより争いの種は消える。だが自由、多様性などは全て摘み取られる。地球側ではオーブ、スカンジナビア王国がこれに反対を表明。月のアルザッヘル（地球軍陣営）も反対の意思を持って会見を求めていた。デュランダルはレクイエムシステムを起動させ、アルザッヘルを壊滅させた。一方レイはシンにデュランダル議長に付いて行く事が唯一だと言った。苦しみ出し、カプセルを飲むレイ。
集結するエターナルとアークエンジェル。ミネルバに彼らを討つ指令が出された（48話）。
レイが語る自身の出生の秘密。レイとクルーゼは、キラが遺伝子操作で生まれる時期に同時に作られたクローン。テロメアが短く、長くは生きられない。出生の呪いからデュランダルに賛同している。迷いを持つシン。
キラとアスランは偏向装置のコロニーを破壊。
デュランダルは新たな核兵器「ネオ・ジェネシス」で応戦（49話）。
敵味方入り乱れての戦い。アスランとシン、キラとレイとの戦い。レイを倒し、キラはネオ（フラガ）と共にレクイエムのビーム本体を破壊した。
そしてネオジェネシスを備え、デュランダルの居る「メサイア」を攻撃。指令室に入る。デュランダルとの対決。レイとタリアもそこに駆け付ける。銃口を向け合うキラとデュランダル。だがデュランダルはレイに撃たれて倒れる。キラの未来は奪えないと泣き崩れるレイ（50話）。
３人を残しメサイアから脱出するキラ。
感想
ガンダムSEEDの続編。先の戦いが停戦してから２年後の世界。だが話の発端がまた新造Ｍ・Ｓの強奪とは、芸がなさすぎる。というか最近のトレンドは敵の装備を奪って利用するという事か（要するに「将棋」だね・・・・）。
陰謀によるユニウス７の落下、地球軍の核攻撃を経て再び戦火が開く中でカリスマ性を発揮するデュランダルと、それを「オカシイ」と感じるアークエンジェルのクルーたち。
けっこう伏線も張られているし、デュランダルの最終目的についてもなかなか練られているが、最終的にシンの乗ったガンダム「ディスティニー」の存在価値がほとんど見えて来ない。ストーリーとして描くもののスケールに対し、モビルスーツの戦いそのものの意味が薄すぎて、何か消化不良の印象がある。結局主人公的存在のシンは、ドラマの中でほとんど何の役割りも果たしていない（ただの戦闘スタッフ）。
どこまで行っても主人公はキラ（とアスラン）。
そういえば、途中でアスランを庇って戦死する「ハイネ」という者がおり、声に特徴があるなー、と思っていたらT.M.Revolutionの西川貴教。なるほどね。
キャスト
プラント/ザフト
シン・アスカ （CV:鈴村健一）
ルナマリア・ホーク （CV:坂本真綾）
ギルバート・デュランダル （CV:池田秀一）
ミーア・キャンベル （CV:田中理恵）
レイ・ザ・バレル （CV:関俊彦）
タリア・グラディス （CV:小山茉美）
メイリン・ホーク （CV:折笠富美子）
ハイネ・ヴェステンフルス （CV:西川貴教）
地球連合軍/ロゴス
ネオ・ロアノーク （CV:子安武人）
アウル・ニーダ （CV:森田成一）
スティング・オークレー （CV:諏訪部順一）
ステラ・ルーシェ （CV:桑島法子）
ミラー・ジョーン （CV:杉田智和）
ロード・ジブリール （CV:堀秀行）
オーブ連合首長国
カガリ・ユラ・アスハ （CV:進藤尚美）
ユウナ・ロマ・セイラン （CV:野島健児）
アマギ （CV:千葉進歩）
百科事典
http://dic.pixiv.net/a/%E6%A9%9F%E5%8B%95%E6%88%A6%E5%A3%AB%E3%82%AC%E3%83%B3%E3%83%80%E3%83%A0SEEDDESTINY
あらすじのＨＰ
http://k-rakuraku.com/SEED/STORY/seed-1.html#DP1
ちょっと辛口の指摘
http://blog.goo.ne.jp/higejin/e/e4cc642a11f8876a47f39e8f0ea45339
