シリーズ構成
border1 Ghost Pain ：2013年6月22日公開
border2 Ghost Whispers ：2013年11月30日公開
border3 Ghost Tears ：2014年6月28日公開
border4 Ghost Stands Alone ：2014年9月6日公開
Pyrophoric Cult ：2015年TV放送
攻殻機動隊 新劇場版 ：2015年6月20日公開
感想
前回でも出たクザン共和国絡みの事件。
毎度複数タスクを追わなくてはならないので「忙しい」
次第に存在感を増す「ファイアスターター」
ここでもツダ・エマとブリン・ジュニアという、二重ゴーストの切ないドラマがある。
二人は消滅したのか？それともネット世界へ吸い込まれたか・・・
ゴーストって、なんなん？ （いまさら・・・）
あらすじ
2028年冬のニューポートシティ。クザン共和国の国営水企業と、ハリマダラ重工業との間で契約が締結された。それに反対する抗議デモ。
デモ抑止に動く公安９課は、大規模ドミネーションを敢行。
だが１００人レベルの、機動隊による無差別発砲事件が勃発。
これだけの集団を操れるのはウイルス。信号を送っているヤツがいる。超ウィザード級ハッカー「ファイアスターター」
その発信場所を突き止めて向かう草薙。
発信元である、先に調印した当人のクザン代表ザイードは、この契約の裏に隠された闇を暴露。
それを止めようとして撃たれる北原副大臣。
ザイードを射殺する草薙。暴動は鎮圧された。
その最中、草薙に「枝」を付けようとした者がいた。
バトーらに指示して捕えたのは全身義体の少女「ツダ・エマ」。
エマの引き渡しを要求する陸軍情報部のホヅミ大佐を無視して、５０１機関へのエマ護送を草薙に指示する荒巻。
捜査の結果、兵器の国外開発派に、エマが支援を受けていたNPOの関与が判明。
移送途中でエマにダイブする草薙だが、彼女の中にもう一つのゴースト「ブリンダ・ジュニア」が存在する事を知る。
５０１機関でかつての上司、クルツに再会する草薙。
エマの中の別人格「ブリンダ・ジュニア」はスケアクロウ（案山子）とも呼ばれ、エマが活動する中で混在してしまった。
元々エマは人格消失の障害を、電脳化を進める事で回避していたが、スケアクロウは他人の人格と融合する事でしか自我を維持出来なかった。
検査の最中にトグサの電脳がハッキングされ、死んだ筈の父親と、端末だと思い込んだ銃で会話を始める。
気付いた草薙だが、時既に遅く、トグサを利用してエマが脱出。
追跡の最中、捜査報告を聞く草薙たち。
発砲事件はホヅミ大佐による、兵器開発国内派の北原副大臣抹殺が主目的。バックに武器商人のカルテルがある。
その演出のため、スケアクロウを経由させてウイルス感染させていた。この機に乗じて５０１機関の消滅も画策。
逃走を続けるエマ（とその中のスケアクロウ）は、ホヅミ側の攻撃を受けながらも、敵兵器へゴースト転写して逃げ続ける。
自らの自我を捨てても逃げようとする姿を見て、がく然とする草薙。
エマとスケアクロウのゴーストを入れた義体は、最後に艦の砲撃で消滅。
脱出するかに見えたホヅミ大佐のヘリだが、カルテルの砲撃を受けて墜落。
今回の件で、草薙らメンバーの活躍が認められ、特務機関としての地位を得る。独自の特務権限を得るため、荒巻の公安９課に所属する事を決める草薙。